กระทรวงมหาดไทยเป็นกระทรวงหนึ่งที่จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ.2435มีสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงเป็นเสนาบดีรับผิดชอบงานมหาดไทยหรืองานการปกครองประเทศและได้มีการแบ่งหน้าที่ระหว่างกระทรวงมหาดไทยและกระทรวงกลาโหมให้ชัดเจนไม่ซ้ำซ้อนกันโดยให้กระทรวงมหาดไทยรับผิดชอบรวมการบังคับบัญชาหัวเมืองทั้งหมดเพียงกระทรวงเดียว
กระทรวงมหาดไทยเมื่อแรกตั้งแบ่งออกเป็น 3 กรม มีชื่อเรียกตามทำเนียบเดิมแต่ให้มีหน้าที่ต่างกัน คือ
•กรมมหาดไทยกลางเป็นพนักงานทำการทุกอย่าง ซึ่งมิให้แยกออกไปเป็นหน้าที่กรมอื่น
•กรมมหาดไทยฝ่ายเหนือให้เป็นเจ้าหน้าที่แผนกการปราบปรามโจรผู้ร้ายกับแผนกอัยการรวมทั้งการเกี่ยวข้องกับชาวต่างประเทศ (แต่ภายหลังโอนการที่เกี่ยวกับต่างประเทศไปเป็นหน้าที่ปลัดทูลฉลอง)
•กรมมหาดไทยฝ่ายพลำภังให้เป็นเจ้าหน้าที่แผนกปกครองท้องที่
สำหรับการปกครองในส่วนภูมิภาคได้ กำหนดรูปแบบการปกครองที่เรียกว่า "เทศาภิบาล" ขึ้นมาใช้และได้มอบหมายให้กระทรวงมหาดไทยเป็นผู้รับผิดชอบดูแลโดยจัดแบ่งหัวเมืองออกเป็นมณฑล เมืองและอำเภอโดยมีสมุหเทศาภิบาล ผู้ว่าราชการเมืองและนายอำเภอเป็นผู้ปกครองบังคับบัญชาข้าราชการและดูแลทุกข์สุขของประชาชนในเขตท้องที่นั้น ๆ และมีกำนันผู้ใหญ่บ้านเป็นผู้ช่วยเหลือปฏิบัติงานในระดับตำบลและหมู่บ้าน กรมมหาดไทยฝ่ายพลำภังจึงเป็นต้นกำเนิดของกรมการปกครองซึ่งได้มีการเปลี่ยนชื่อและปรับปรุงการแบ่งส่วนราชการภายในมาเป็นลำดับ ดังนี้
•พ.ศ. 2458กรมพลำภัง มีส่วนราชการย่อย คือกรมปกครองและกรมฝ่ายเหนือ
•พ.ศ. 2459 กรมพลำภังมีส่วนราชการย่อย คือกรมปกครองท้องที่และกรมการเมือง
•พ.ศ. 2460กรมปกครองมีส่วนราชการ2แผนกคือแผนกปกครองท้องที่และแผนกการเมือง
•พ.ศ. 2466กรมพลำภัง มีส่วนราชการย่อย คือกรมปกครอง และกรมการเมือง
•พ.ศ. 2467กรมพลำภัง มีส่วนราชการย่อย คือ การภายในกรมภายนอก และกรมทะเบียน
•พ.ศ. 2469กรมพลำภัง มีส่วนราชการย่อย คือ กรมปกครอง กรมทะเบียนและกรมราชทัณฑ์
หลังการเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. 2475 จากระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์มาเป็นระบอบ ประชาธิปไตยแล้วในปี พ.ศ. 2476 กรมพลำภังได้เปลี่ยนชื่อเป็นกรมมหาดไทยต่อมาในปี พ.ศ. 2505 จึงเปลี่ยนมาใช้ชื่อ "กรมการปกครอง" จนถึงปัจจุบัน